La recherche d’une anomalie chromosomique fait partie des examens prescrits en première intention dans le bilan étiologique  des anomalies de développement chez l’enfant ou l’adulte : déficience intellectuelle, malformations congénitales ainsi que dans les troubles envahissants du comportement (autisme, retard de langages et syndromes apparentés).
L’ensemble de ces pathologies concerne 5 à 14 % de la population. La mise en évidence d’un remaniement chromosomique aidera à la prise en charge de l’enfant et permettra de faire un conseil génétique et d’éviter une éventuelle récidive.
Le caryotype conventionnel qui permet une analyse globale du génome avec une résolution de 10 Mb (10 millions de paires de bases) retrouve une anomalie dans environ 5% des cas.
Les techniques de cytogénétique moléculaire (FISH) permettent de dépister 3 à 4% d’anomalies supplémentaires. Néanmoins, il s’agit de techniques ciblées ne permettant d’explorer qu’un petit nombre de loci : régions sous-télomériques et loci des syndromes micro-délétionnels récurrents.
Les techniques de « puce à ADN Â»  ou CGH-array ou CGH sur micro-réseau se sont développées depuis une dizaine d’années et sont maintenant parfaitement validées pour la mise en évidence des variations de nombre de copies (CNV) dans le cadre du retard mental et des anomalies congénitales.
L’ACPA permet une étude globale du génome avec une résolution variant de 40 kilobases (40 000 paires de bases) à 1 Mb selon la technologie  soit un facteur multiplicatif de 10 à plus de 100 par rapport au caryotype. Cette technique met en évidence  entre 15 à 20% de CNV pathogènes  chez des sujets atteints de retard de développement.
Une ACPA peut être réalisée après un caryotype normal ou en première intention.
Nous proposons désormais cette analyse avec la plateforme Affymetrix et la puce Cytoscan-HD. Il s’agit d’une puce à SNP’s (single nucléotide polymorphisms) comportant 2.5 millions de sondes avec un marqueur/ 1 400 bases sur l’ensemble du génome et une couverture renforcée (1 marqueur/ 380 à 650 bases) sur les régions d’intérêt ce qui permet une résolution de 40 Kb pour des ADN de bonne qualité. Par ailleurs, seule la technologie des SNP’s permet le diagnostic des disomies uni-parentales et de vérifier l’absence de contamination inter-échantillons.
La validation du caractère pathogène  de ces anomalies de très petite taille nécessite de la part du cytogénéticien une compétence dans l’interprétation des données du génome et le recours à différentes bases de données internationales.
Certains remaniements peuvent être d’interprétation difficile et nécessiter que soit réalisée une ACPA chez les parents afin de déterminer s’il s’agit d’une anomalie héritée probablement non pathogène ou d’un remaniement causal. Le patient doit être informé de l’existence de ces anomalies d’interprétation difficile. Une notice d’information à l’intention du patient et ou des parents est disponible sur notre site : TELECHARGER
Limites de la technique : la technique ACPA ne met en évidence que les anomalies déséquilibrées et ne dépiste pas les faibles mosaïques.
Il s’agit d’un examen des caractères génétiques nécessitant une attestation de consultation du médecin et le consentement du patient.
Aucun examen ne sera réalisé sans renseignement clinique : Feuille de Demande d’Examens spécifique : disponible sur notre site : TELECHARGER


Dr Anne Bazin
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