[INFO COVID] - Séquençage du SARS-Cov-2 au vu de la forte prévalence du variant Delta

Au vu de la situation épidémiologique et la forte prévalence du variant Delta, un texte MINSANTE doit paraître prochainement prévoyant à minima l’arrêt du séquençage des échantillons présentant la mutation 452R en criblage, voire tout séquençage suite à un criblage positif (452R+ ou 484Q+ ou 484K +).

 

Dans l’attente de ce texte, consigne à été donnée au laboratoire Cerba de la part des autorités d’arrêter les séquençages systématiques des échantillons présentant une mutation 452R+ avec un Ct<28 (en technique de criblage réalisée au Cerba). Nous poursuivons pour le moment le séquençage des échantillons présentant les mutations 484K ou 484Q positives avec Ct<28, en attendant le prochain MINSANTE qui décrira plus précisément les prochaines indications valides du séquençage.

 

Pour le moment les indications du séquençage sont :

  • Toutes personnes en provenance de l’étranger sur le sol français depuis <14j et présentant un test positif.
  • Le séquençage interventionnel : toute demande émanant d’une ARS (clusters+, etc…) => ces cas doivent être séquencés en priorité par rapport aux autres indications.

Ces 2 indications peuvent être réalisées au laboratoire Cerba.

Tout séquençage ciblé (échecs de vaccination/ou de traitement) ainsi que les enquêtes Flash doivent être envoyés au CNR de rattachement, pour le moment. Il est possible que ces indications puissent être prochainement prises en charge par notre laboratoire dans les prochaines semaines. Nous vous tiendrons informés de toute évolution sur ce sujet.

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