• INNOVATION

Du microbiote... au Microbiome

L’analyse du microbiome sera bientôt disponible au laboratoire Cerba ! En quoi cette analyse sera-t-elle différente de la précédente ?

Notre organisme est colonisé par des milliards de bactéries regroupées sous forme d’ensembles appelés microbiotes ou flores (par exemple : le microbiote intestinal, vaginal, cutané, pulmonaire, circulant, etc…).

Notre tube digestif abrite entre 10¹² et 10¹⁴ micro-organismes : bactéries, virus, parasites, agents fongiques constituant notre microbiote intestinal. Le rôle du microbiote intestinal est de mieux en mieux connu et les chercheurs tentent aujourd’hui de mieux définir les liens existants entre les déséquilibres du microbiote et certaines pathologies comme les maladies inflammatoires du tube digestif (notamment la maladie de Crohn).

Une des techniques de séquençage NGS amplifiant une région du gène codant pour l’ARN 16S, permet d’établir une cartographie des bactéries qui composent le microbiote, y compris celles qui ne sont pas cultivables. Dans le cas d’un déséquilibre qui se traduirait par une sur-représentation ou de sous-représentation de certains phylums, on parlera de dysbiose. Il s’agit par exemple de Faecalibacterium prauznitzi dont on a identifié le rôle protecteur dans le développement de certaines pathologies comme la maladie de Crohn ou la rectocolite hémorragique. Ainsi, les nouvelles connaissances générées par l’étude de ces microbiotes ouvrent un champ nouveau de la médecine axée sur la recherche de probiotiques et de prébiotiques intervenant dans la régulation des flores dysbiotiques.

Le nouveau bilan proposé par Cerba offre également une approche d'exploration non invasive du fonctionnement de la sphère digestive, en s’inspirant des méthodes de la coprologie fonctionnelle qui restent une pratique essentielle en gastroentérologie. En complément de l'étude du microbiote grâce à la technique NGS, le bilan repose sur une sélection de marqueurs microscopiques fournissant des renseignements sur la digestion, l'absorption, la motricité et l'état de la muqueuse intestinale. En plus de ces paramètres, s’ajoutent des marqueurs biochimiques, tel que le pH fécal, la calprotectine et la zonuline. La calprotectine est une protéine issue de la dégranulation des neutrophiles et se révèle un indicateur performant de l'état inflammatoire intestinal. La zonuline est une autre protéine intéressante dont la présence en excès signe une augmentation de la perméabilité intestinale.

L'ensemble des résultats de ce bilan permettent un diagnostic de précision qui facilitera une prise en charge optimale des patients. 

Grâce à l’établissement de plusieurs partenariats scientifiques notamment avec des cliniciens (KOL) et des études cliniques en cours, le laboratoire Cerba se positionne sur cette nouvelle expertise qui permettra l’acquisition de nouvelles connaissances scientifiques et l’amélioration significative de la prise en charge des patients sujets aux dysbioses.

• SERVICE

En Décembre dernier, après plusieurs mois de travail coordonné entre les équipes du service pré-analytique et informatique, nous avons lancé la prescription connectée Light+. Des pilotes ont été mis en place avec certains centres Cerballiance et un laboratoire grec. La prescription connectée : De quoi s’agit-t’il ? quel apport ? comment le déploiement sera-t-il organisé ?

La prescription connectée Light+ : qu’est-ce que c’est ? 

C’est l’intégration des codes analyses provenant des laboratoires connectés (messages HPrim) dans notre Système de Gestion de Laboratoire (SGL) : Openlab. Les analyses ainsi que leurs natures sont intégrées directement au dossier des patients. L’opérateur effectue certains contrôles comme la concordance des identifiants avec les données portées sur les tubes.

Avec quels éditeurs logiciels?

Avec tous les éditeurs de logiciel qui intègrent notre catalogue d’analyses et tous les clients qui l’utilisent.

Comment cela fonctionne-t ’il ?

Grâce à une interface spécifique développée en collaboration avec nos équipes informatiques et nos équipes d’enregistrement des dossiers.

Lors de la lecture des codes à barres situés sur les sachets, les codes clients et les références ; l’ensemble des informations sont proposées à l’agent qui peut si besoin rajouter une non-conformité de façon visuelle. Ces informations sont ensuite intégrées dans notre SGL pour créer le dossier et l’impression des étiquettes à porter sur les tubes et les documents est immédiate.

Quelle volumétrie de dossiers est adressée avec Light+ aujourd’hui ?

Après extension à d’autres sites pilotes, hors Cerballiance, nous traitons tous les jours environ 800 dossiers en prescription connectée Light+.

Quelles sont les prochaines étapes ?

Nous allons déployer cette solution sur de nombreux laboratoires.  Vous en bénéficierez bientôt.

Deux nouveautés techniques majeures déjà mises en place vous seront présentées lors de notre prochaine newsletter !

• TECHNO

Cerba a choisi de développer une plateforme spécifique dédiée à la technologie NGS (Next Generation Sequencing) ces trois dernières années pour répondre au besoin croissant d’identifier des mutations génétiques de façon rapide et fiable, notamment dans le domaine de l’oncologie.

Ces technologies récentes permettent de séquencer l'ADN et l'ARN beaucoup plus rapidement que les méthodes classiques comme le séquençage Sanger. La technologie NGS a révolutionné l'étude de la génomique et de la biologie moléculaire et fournit des informations précieuses notamment concernant le type et la nature (constitutionnelle ou acquise) des mutations au sein des gènes d’intérêt. Il s’agit d’une technologie très évolutive qui peut s’appliquer soit à de petites régions d’ADN, ou à l’exome voire à l'ensemble du génome.

Le NGS constitue un outil aujourd’hui indispensable dans la prise en charge des patients dans de nombreux domaines : oncologie, le diagnostic prénatal non invasif, le diagnostic de maladies génétiques (pré et post-natal), ou bien en infectiologie. Elle répond aux besoins émergeants de la médecine de précision et à la mise en place de thérapies ciblées pour les patients nécessitant une prise en charge rapide, notamment dans le cas de l’oncologie.

Le laboratoire s’est enrichi d’une plateforme NGS complète composée d’un séquenceur très haut débit (HiSeq 1500, Illumina) dédié aux analyses de l’exome constitutionnel, l’exome tumoral et RNAseq et également de 7 séquenceurs à haut débit (NextSeq 500 et Miseq Dx, Illumina).

Grâce à sa plateforme, Cerba offre une expertise unique dans le séquençage haut-débit. Son équipe de 15 personnes constituée de biologistes, d’experts techniques et de techniciens, garantie le développement rapide des nouveaux protocoles/biomarqueurs afin de répondre très rapidement aux besoins de nos prescripteurs, de laboratoires hospitaliers et pharmaceutiques, et également d’équipes de recherche en matière de diagnostic médical. Avec 90% des protocoles d’extraction d’acides nucléiques et de préparation des échantillons automatisés, ce sont plus de 5000 analyses chaque mois qui sont réalisées au moyen de notre plateforme.

Pour certains cancers, les traitements personnalisés offrent aujourd’hui une grande valeur ajoutée par rapport à la chimiothérapie classique. Avec l’apport de la génomique, la recherche de mutations spécifiques dans les gènes des cellules cancéreuses permet de déterminer le diagnostic plus précisément, de prédire la survie du patient ou encore de cibler les cellules cancéreuses avec une/des thérapies innovantes. La technique du NGS permet de déterminer la séquence d'un ensemble de gènes simultanément au lieu d'utiliser une analyse conventionnelle de « gène par gène ». La caractérisation des tumeurs solides soit à partir de la tumeur elle-même, soit à partir de son ADN relargué dans la circulation (« biopsie liquide ») est possible dans un délai très compétitif.

Le dépistage des prédispositions héréditaires aux cancers du sein et de l’ovaire ainsi qu’aux cancers colorectaux représentent déjà un volume d’examens importants.

Pour tous ces examens, les données générées par le séquenceur sont traitées par bio-informatique avant d’être interprétées par un biologiste expert qui proposera un compte-rendu avec des indications sur la thérapie la plus adaptée au profil de mutation identifié.

Selon le même principe, notre plateforme propose également le séquençage de l’exome complet constitutionnel qui vise à détecter les variants à l’origine de maladies rares. Cet examen complexe est également interprété par nos biologistes, de la même façon que le test de l’ADN lc (anciennement nommé DPNI) pour le dépistage de la trisomie 13, 18 et 21.